次世代シーケンサーは、従来のDNAシーケンサーのように１つのDNAを長く読むのではなく、短い配列を数多く読むことを目的としています。 　一回のランで読める塩基長は、３６〜１５１塩基（２０１１年３月現在、解析の目的により、解読塩基長を選択できる）ですが、１回のランで配列決定できるDNA断片の数は、２億個以上になります。この膨大な数の配列データをもとに、ゲノムデータベース上のリファレンス配列とのalignmentを行い、遺伝子の網羅的な解析が可能となります。