パラフィン包埋が終わった組織を、ミクロトームを用いて1 - 20(通常 2-6)μの厚さに薄切する。ミクロトームには、メスが前後に動きブロックがわずかに上に動きながら切れる型式のものにユング型、シャンツエ型があり、メスは固定しブロックが少しずつ前進しながら上下に動くことによって切れる型式のものにミノー型、スペンサー型などがある。現在最も広く用いられているミクロトームはユング（滑走式）型で、替え刃を用いれば1-15μ切片が薄切可能である。回転（ミノー、他）式は柔らかい組織から比較的厚い連続切片（10-20μ）を作製するのに適している。

　今回の実習を行うユング型は図-1に示すような型で、(A)-7部にミクロトームメスを固定し、(C)-1 部にブロックをはさんで固定する。続いて(D)-3を上下さすことにより(D)-1が回転し、(C)全体がレール状を上昇することにより、メスをはさんだ(B)部にて上昇分の厚さの切片を薄切するのである。
　薄切は以後の染色や組織化学を行う際に、標本の出来、不出来を決定する非常に重要な操作であるが、理論を知ることよりも実際を修得することが大切である。

　ミクロトームを用いて 1-15 (通常2-6)μに薄切した切片を、水に浮かべた後ぬるま湯(40-50℃)に浮かべ、皺が伸びればスライドグラスにとる。60℃の孵卵器で60分以上乾燥させた後一般染色や、組織化学反応に進む。染色中に剥離しやすい組織や、免疫組織化学を行うときは、あらかじめポリエルリジンをコートしたスライドグラスを使用する。